深圳市睿法生物科技有限公司崔品获国家专利权
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龙图腾网获悉深圳市睿法生物科技有限公司申请的专利一种肝癌基因数据库的构建方法、系统及介质获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN120108518B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-07-08发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202510584694.6,技术领域涉及:G16B50/30;该发明授权一种肝癌基因数据库的构建方法、系统及介质是由崔品;冯铭冀;赖汉明设计研发完成,并于2025-05-08向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种肝癌基因数据库的构建方法、系统及介质在说明书摘要公布了:本发明涉及医疗信息技术领域,特别是一种肝癌基因数据库的构建方法、系统及介质,该方法基于细胞空间坐标构建空间邻域关系,将相互连通的细胞群定义为空间邻域超边;根据基因表达值标注功能模块,将同一功能模块内的细胞节点关联为功能模块超边;基于所述空间邻域超边与功能模块超边构建时空动态超图结构;对时空动态超图结构的节点特征进行局部聚合,获取目标节点与领域节点间的基因表达相关性权重矩阵,从而构建肝癌基因数据库。本发明通过全面刻画肝癌细胞的空间互作网络、功能模块动态演化及基因表达相关性,为肝癌机制研究提供高质量的数据支持与分析平台。
本发明授权一种肝癌基因数据库的构建方法、系统及介质在权利要求书中公布了:1.一种肝癌基因数据库的构建方法,其特征在于,包括以下步骤: 获取肝癌组织空间转录组数据,包括基因表达值、细胞空间坐标及时间序列采样数据; 基于细胞空间坐标构建空间邻域关系,将相互连通的细胞群定义为空间邻域超边,并获取空间邻域超边的空间属性; 根据基因表达值标注功能模块,将同一功能模块内的细胞节点关联为功能模块超边,并获取功能模块超边的代表性特征; 基于所述空间邻域超边与功能模块超边构建时空动态超图结构,并获取时空动态超图结构的数据单元; 对时空动态超图结构的节点特征进行局部聚合,获取目标节点与领域节点间的基因表达相关性权重矩阵; 根据所述空间属性、代表性特征、数据单元以及基因表达相关性权重矩阵构建肝癌基因数据库; 其中,基于细胞空间坐标构建空间邻域关系,将相互连通的细胞群定义为空间邻域超边,并获取空间邻域超边的空间属性,具体为: 基于细胞的细胞空间坐标,通过Delaunay三角剖分方法将各细胞连接成三角形,生成三角网格图; 遍历三角网格图中的所有三角形,将共享同一条边的两个细胞标记为空间邻域关系,构建细胞间的邻接矩阵; 基于邻接矩阵,获取所有相互连通的细胞群,若一组细胞通过邻域关系相互连通,则将该组细胞定义为空间邻域超边,并记录空间邻域超边内所有细胞的唯一标识符; 为每一空间邻域超边标注空间属性,包括超边中心坐标、覆盖区域面积、细胞数量及超边类型; 其中,根据基因表达值标注功能模块,将同一功能模块内的细胞节点关联为功能模块超边,并获取功能模块超边的代表性特征,具体为: 基于所述基因表达值计算细胞间的基因表达相似性,生成对称的相似性矩阵; 基于相似性矩阵,采用层次聚类法通过递归合并最相似细胞或细胞簇,逐步生成聚类层次结构,直至所有细胞被归入单一簇,得到细胞聚类树状图; 计算细胞聚类树状图中各聚类模块的轮廓系数;若某一聚类模块的轮廓系数大于预设系数阈值,则将该模块划分为独立的共表达基因模块,并记录模块内所有细胞的唯一标识符; 对每一共表达基因模块进行功能富集分析,若某一共表达基因模块的富集显著性低于预设显著性阈值,则将其标注为功能模块; 将同一功能模块内的细胞节点关联为功能模块超边,记录功能模块超边内细胞的唯一标识符及功能模块类型,同时将功能模块超边的中心表达谱作为其代表性特征。
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